遺伝子解析部門

受託解析について

1)DNAシークエンシング利用方法

ADRES遺伝子解析部門では、 Applied Biosystems(ABI)社3130ジェネティックアナライザを用いたDNAシークエンシングの依頼分析を行っています。共同利用機器予約システムから予約の後、シークエンス反応終了後の処理済みサンプルを解析依頼シートと共に、 ADRES(樽味)管理室へ14時までに持ってきてください。

  • Standard:2時間の解析で4サンプル同時解析、700~850bp解析可能。
  • Fast:1時間の解析で4サンプル同時解析、600~700bp解析可能
  • BigDye Cycle Sequencing Kit ver.3.1推奨。

BigDye ReactionMixは専用の希釈液にて8倍以上に希釈し反応を行ってください。 濃度が高いとキャピラリーの寿命が短くなり、その後のサンプルの解析に悪影響が出ます。

サイクルシークエンス反応終了後、 アプライドバイオシステムズジャパンの推奨するプロトコルに従って蛍光色素除去を行ってください。 エタチンメイト等の沈殿補助剤は使用しないでください。シークエンスサンプルを、HiDi Formamid 15 μLに溶解し、加熱急冷した後、 マイクロチューブにいれて樽味ステーション管理室へ渡してください。 サンプルプレートへの分注は、施設スタッフが行います。

結果は、E-mailもしくは記録メディアにてお渡しいたします。 記録メディアは、フラッシュメモリ、CD-RW、DVD-RWが使用可能です。 なお、プリントアウトのサービスは3130の解析では行いません。※より詳細な解説は以下の手引きをご覧ください。

サンプルシート記入項目

  • 依頼日、所属および指導教官、依頼者名
  • サンプル名と数量(チューブにもサンプル名を明記:できるだけ簡単な記号や数字で)
  • BigDyeのバージョン(Ver.1.1かVer.3.1か;Ver.3.1推奨)
  • 希望する解析時間(FastかStandardか)

備考:結果をメールで受け取りたい方は、メールアドレスをご記入ください。
また、XTerminator精製キットをご使用の方は、その旨ご記入ください。

2)アミノ酸組成解析利用方法

ADRES遺伝子解析部門では、高速アミノ酸分析計L-8900(日立)を使用して受託解析を行っています。依頼方法、注意事項等は以下の通り。解析料金についてはお問い合わせください。なお、細菌またはウイルス感染のおそれのある試料は分析できません。共同利用機器予約システムから予約の後、サンプル、標準液用バイアル、解析依頼シートを準備し、学術支援センター遺伝子解析部門へ14時までに持ってきてください。なお、プリントアウトのサービスはL8900の解析では行いません。

サンプルは必ず除タンパク処理を行ったのち、pore size 0.22μm以下のフィルターを用いてろ過処理を行い、分析用バイアルに分注してください。バイアルは必ずセンター指定のものを使用してください。分析用バイアルにいれたサンプルと、標準液用に空のバイアル1個をお持ちください。一度に解析できるサンプルは38本です。

その他、以下の注意事項をよく読んでご依頼ください。不明な点がありましたら、センタースタッフにお尋ねください。

注意事項

  1. サンプルは0.02 M HCl溶液として、400μL以上準備してください(微量バイアルの場合は140μL以上)。なお、サンプルは必ず除タンパク処理を行ったのちpore size 0.22μm以下のフィルターを用いてろ過処理を行い、タンパク質成分及び不溶性物質の除去を確実に行ってください。サンプル調製法について不明な点がありましたらご相談ください。
  2. 分析用バイアルは必ずセンター指定のものを使用してください。バイアルにいれたサンプルと、標準液用に空のバイアル1個をお持ちください。
  3. 一度に解析できるサンプルは38本(スタンダードを含めて39本)です。L-8900によるアミノ酸の定量分析には、1サンプルにつき約160分かかります。
  4. アミノ酸標準液は原則センターで準備します。ご自身で調製されたものを使用する場合にはお知らせください。
  5. 解析依頼シートおよびバイアルにはサンプル名、もしくはサンプル番号を明記してください。
  6. サンプル中のアミノ酸濃度が高いとカラムの劣化を早める恐れがあります。高濃度サンプル(各アミノ酸10 nmol/20 μL以上)と予測される場合は、必ず希釈したサンプルをサンプルを必ずお持ちください。
  7. 結果はメール添付にてお渡しいたします。
  8. 解析終了後のバイアルは返却いたします。洗浄後、再利用してください。洗浄方法などについて不明な点があれば、センタースタッフにお尋ねください。