医科学研究支援部門

医科学研究支援部門

 

バイオインフォマティクス支援分野
(NGSデータ解析相談, 受託解析, 各種シーケンサーなど)

 目次(ページ内リンク)

1.主な担当機器
2.機器利用
3.バイオインフォマティクス支援相談窓口
4.受託業務
5.過去の技術セミナー等のオンデマンド配信
6.担当教職員・お問い合わせ

 

 

主な担当機器

利用者が直接利用可能な機器・部屋等

<共同利用機器一覧などはこちら>

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    リアルタイムPCR
    ABI StepOnePlus

    遺伝子発現解析を行ったり、SNPジェノタイピング、遺伝子コピー数の解析、ウイルス・病原菌の検出など様々な用途に使用可能です。(受託解析は未対応)

  • DSC00823.JPG

    リアルタイムPCR ABI 7500

    アプライドバイオシステムズのリアルタイムPCRです。(受託解析は未対応)

  • 2-3.jpg

    シーケンサー
    ABI Genetic Analyzer 3500

    8本のキャピラリーを備えており、同時に8サンプルの解析が可能です。DNAの塩基配列決定、フラグメント解析等が可能です。(受託解析は未対応)

 

  • 2-1.jpg

    マイクロチップ型電気泳動装置
    Agilent 2100 Bioanalyzer

    少量サンプルでDNA,RNA,タンパク質等の電気泳動ができます。RNAの分解度の指標であるRINの測定が可能でRNAサンプルの品質確認に威力を発揮します。 DNA1000, High Sensitivity DNA, RNA6000 nanoキットは試薬を常備しているので受託解析が可能です。それ以外のキットでの解析の場合はお問い合わせ下さい。

  • BluePippin.JPG

    BluePippin

    目的のDNA断片を自動で分取する装置です。
    特に次世代シーケンサーのライブラリー調製時のサイズセレクションに有用で複数のDNA断片から目的サイズの断片のみを自動で分取することが可能です。
    通常のDNAサンプルでもご利用いただけます。
    最大4-5サンプルの同時解析が可能で、各レーンが独立している為コンタミリスクが発生しません。
    また、各レーンごとに分取したいサイズを独立して設定することも可能です。
    消耗品(ゲルカセット)は利用者が準備してください。

  • QIACube.JPG

    QIACube

    Qiagen社のスピンカラムキットの自動処理装置です。
    最大12サンプルの処理が可能です。
    遺伝子組換え実験(P1,P2)に該当するサンプルの処理はできません。
    試薬、消耗品は利用者が準備して下さい。
    使用するキットによってはプロトコールのインストールが必要ですので事前にご確認下さい。

 

  • データ解析用PC1(CLC Genomics Wrokbench, Strand NGS).JPG

    データ解析用PC1
    (CLC Genomics Workbench, Strand NGS)

    予約を取得していただいた学内の一般利用者の方が全て無償でご利用いただけます。(機器管理担当者が立ち会いの元実施。)
    <PCスペック>
    OS: Windows10 Pro
    CPU: corei9
    メモリ: 128GB
    内部ストレージ: 4TB ・・・利用状況に応じて要相談。
    <搭載されている解析ソフトウェア>
    ・CLC Genomics Workbench(通常版、Premium機能なし)
     →年間契約しているソフトウェア。
    ・StrandNGS
     →年間契約しているソフトウェア。
    ・R、RStudio
     →R言語を使用した解析・作図が可能。ツールは随時インストール予定。
    ・コマンドラインツール(Linux)
     →NGS解析用ツールを随時導入予定です。詳細につきましては、別途お問い合わせください。

  • データ解析用PC2(IPA).JPG

    データ解析用PC2
    (Ingenuity Pathway Analysis (IPA))

    予約を取得していただいた学内の一般利用者の方が全て無償でご利用いただけます。(機器管理担当者が立ち会いの元実施。)
    <PCスペック>
    OS: Windows10 Pro
    CPU: corei9
    メモリ: 64GB
    内部ストレージ: 4TB ・・・利用状況に応じて要相談。
    <搭載されている解析ソフトウェア>
    IPA Analysis Match機能付
     →年間契約しているソフトウェア。
    ・R、RStudio
     →R言語を使用した解析・作図が可能。ツールは随時インストール予定。
    ・コマンドラインツール(Linux)
     →NGS解析用ツールを随時導入予定です。詳細につきましては、別途お問い合わせください。

  • データ解析用PC3(OmicsBox).JPG

    データ解析用PC3
    (OmicsBox)

    予約を取得していただいた学内の一般利用者の方が全て無償でご利用いただけます。(機器管理担当者が立ち会いの元実施。)
    <PCスペック>
    OS: mac Monterey 12.3
    CPU: Xenon 8 core
    メモリ: 96GB
    内部ストレージ: 2TB ・・・利用状況に応じて要相談。
    <搭載されている解析ソフトウェア>
    ・OmicsBox
     →年間契約しているソフトウェア。
      Blast解析機能などの一部利用回数制限あり(要問い合わせ)。
    ・R、RStudio
     →R言語を使用した解析・作図が可能。ツールは随時インストール予定。
    ・コマンドラインツール(Linux)
     →NGS解析用ツールを随時導入予定です。詳細につきましては、別途お問い合わせください。

 

  • 持ち込みデータのウイルススキャン用PC.JPG

    持ち込みデータのウイルススキャン用ノートPC

    データ解析室に設置している各種データ解析用PCは常にインターネット接続しています。USBメモリを媒体としてウイルス感染をしてしまった時のリスクがより大きいため、データ解析室へ持ち込んで使用するUSBメモリは必ずウイルススキャンを行なってください。
    皆様のご理解とご協力をお願いいたします。

  • 作業・打合せスペース.JPG

    データ解析室内の
    作業・打合せスペース

    データ解析室内には、解析用データの事前の加工・打合せ等のためのスペースをご用意しております。
    予約なしでご利用いただけますので、お気軽にご利用ください。

  • 読書スペース.JPG

    データ解析室内の
    読書スペース

    データ解析室内に設置している技術書籍・セミナー資料等を閲覧する際にご利用いただける読書スペースもご用意しております。
    予約なしでご利用いただけますので、お気軽にご利用ください。

 

  • 技術書籍・セミナー資料等の貸し出し.JPG

    技術書籍・セミナー資料等の貸し出し

    技術書籍・データ解析ソフトのマニュアル等を無料でご利用いだだけます。現地の読書スペースで閲覧していただくか、最大1週間レンタルしてご利用いただけます。

  • TV会議室.JPG

    TV会議室

    各種データ解析用PCの画面を複数人で閲覧したい場合、技術セミナーの受講スペース等に便利な会議室です。予約システム上から予約を取得しご利用いただけます。

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受託業務でのみ使用する機器

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    次世代シーケンサー MiSeq

    illumina社のベンチトップ型次世代シーケンサーです。
    リード数は限られますが、RNA-Seq(mRNAの発現解析のみ)
    疾患関連遺伝子の変異解析,metagenome解析などが可能です。
    一部アプリケーションについてはサンプル調製からデータ解析まで
    一括で受託解析を行っています。
    作業は全て受託業務となり完全予約制です。

 

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機器利用

 利用者の方が直接使用可能な機器の管理・定期メンテナンス等を実施しております。
 機器をご利用の方は、共同利用機器予約システム(学内限定)からご予約をお願いいたします。
 機器の不具合やご不明点などがございましたら、機器管理担当者までお問い合わせをお願いいたします。

 

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バイオインフォマティクス支援相談窓口

 次世代シーケンスデータの詳細解析(主にRNA-Seqデータ)、オミックスデータの簡易解析(メタボローム解析等)を中心に相談・サポートを行っています。
 具体的な解析の手法・受託のご依頼に関するご相談から、どこに相談して良いかわからない解析に関するご相談まで、まずはお気軽にご相談ください。
 ご相談の際には、共同利用機器予約システム(学内限定)からご予約をお願いいたします。

バイオインフォマティクス支援分野の予約取得方法.pdf

バイオインフォマティクス支援分野紹介パンフレット.pdf

 詳細ページ:【学内限定】バイオインフォマティクス支援相談窓口の業務紹介

次世代シーケンスデータ解析(主にRNA-Seqデータ)の場合

 受託メーカーにも使用実績の多い、CLC Genomics Workbench, StrandNGS, IPA Analysis Match付, OmicsBoxの4種類のNGSデータ解析用ソフトウェアをご利用いただけます。
 これらのソフトウェアを用いて、研究者などが自身でデータ解析を行えるようサポートいたします。
 R、RStudio、コマンドラインツール、その他フリーソフト等を用いた解析につきましては、ご相談の上で可能な限りでご対応いたします。
 データ解析室内に、各種技術書籍、過去セミナー動画(オンデマンド配信あり)の配布資料なども閲覧・貸し出し可能です。

オミックスデータの簡易解析(メタボローム解析等)の場合

 受託メーカーにも使用実績の多い、IPA Analysis Match付をご利用いただけます。
 上記のソフトウェア、フリーツール等を用いて、研究者などが自身でデータ解析を行えるようサポートいたします。
 R、RStudio、コマンドラインツール等を用いた解析につきましては、ご相談の上で可能な限りでご対応いたします。

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受託業務

次世代シーケンサー Miseq 受託解析

導入機器:Illumina社 MiSeq
・最長 300 塩基 x 2 のペアエンドシーケンスが可能
・取得最大データ量 150 億塩基
・疾患関連遺伝子の変異解析、16S rRNA 菌叢解析 、アンプリコンシーケンス等が可能 。

 受託解析が可能なのはRNA-Seqや疾患関連遺伝子の変異解析等の一部のアプリケーションのみです。
 サンプル数、量、品質等によって解析方法や料金が変わりますので、詳細については下記リンクをご参照いただくか、直接お問い合わせください。
 また、装置のスペック上、ヒトやマウス等の全ゲノムシーケンスはできません。
 解析内容によっては、かずさDNA研究所へのシーケンス受託解析が可能です。

 詳細ページ:【学内限定】受託業務紹介(バイオインフォマティクス支援分野)

 

かずさDNA研究所への次世代シーケンス受託解析依頼(学内限定)

 愛媛大学はかずさDNA研究所と包括連携協定を締結しています。
 かずさDNA研究所が所有する高機能なシーケンサーを用いたシーケンスにも対応します。
 学内利用者限定で、かずさDNA研究所への次世代シーケンス受託解析依頼を格安で依頼することが可能です。
 かずさDNA研究所への受託依頼で、次世代シーケンス解析の生データ(拡張子.fastq 等)を取得し、学内に導入済みのソフトウェアを使ってデータ解析を行っている方が多いです。

保有機器

・NextSeq500
・NextSeq2000
・DNBSEQ 等

受託解析可能な解析一覧

・RNA-Seq
   3'RNA-Seq
   全長mRNA-Seq
   全長Total RNA-Seq
   Small RNA-Seq 等
・ゲノムシーケンス
   全ゲノムシーケンス
   エクソームシーケンス
・ロングリードPacbio Sequel解析
・シングルセル解析
・データ解析の簡易解析~詳細解析

 利用者が用意するのは精製した Total RNA のみ。
 その後のライブラリー作成、シーケンスは受託で行います。
 RNA-Seq解析に関して、既知の遺伝子の発現解析、スプライスバリアントも含めた遺伝子発現解析等を依頼可能。

 詳細ページ:【学内限定】受託業務紹介(バイオインフォマティクス支援分野)

 

Bioanalyzer受託解析(学内限定)

 RNAの品質確認(RIN値の算出)等を受託解析で実施可能です。Total RNA用のキット、DNA用のキットの一部については在庫を所有していますので、必要なサンプル数分だけの受託解析が可能です。詳細はお問い合わせください。

 詳細ページ:【学内限定】受託業務紹介(バイオインフォマティクス支援分野)

 

 

データ解析環境の構築サービス

データ解析環境の構築サービス.pdf

スライド1.PNG

スライド2.PNG

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過去の技術セミナー等のオンデマンド配信

過去の説明会動画などが視聴できます(学内限定)。

 詳細ページ:過去の技術セミナー等のオンデマンド配信一覧

 

バイオインフォマティクス支援分野のHP(閉鎖予定)

過去の説明会動画などが視聴できます(学内限定)。
https://ehimeuniv.sharepoint.com/sites/T1251-5179

※ 2023年3月末までにHPを閉鎖し、上記のオンデマンド配信ページ(ADRES公式HP内)へ移動いたします。

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担当教職員・お問い合わせ

バイオインフォマティクス支援分野 担当教職員

助教 岩﨑 智之
技術専門職員 徳永 順士
技術員 宮﨑 芽依

ご質問や、機器利用などに関するお問い合わせは以下アドレスにお願いします。
ikagaku-support[@]m.ehime-u.ac.jp
※[@]を半角のアットマークに置き換えてください。

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