愛媛大学学術支援センター(ADRES)医科学研究支援部門バイオインフォマティクス支援分野は、2022年5月にADRES内に新しく設置された組織です。
2024年4月にこちらのWebサイトを新しく開設いたしました。
愛媛大学学術支援センター(ADRES) HP
https://www.adres.ehime-u.ac.jp/
【旧Webサイト】愛媛大学学術支援センター医科学研究支援部門バイオインフォマティクス支援分野 HP
https://www.adres.ehime-u.ac.jp/bumon/03/post-23.html
バイオインフォマティクス解析に関するお困りごとの解決をサポートする体制を、幅広く提供しています。
当センター利用者の方が主体となって解析を進めることができるよう、様々な技術サポートを提供しております。
バイオインフォマティクス解析とは
日本バイオインフォマティクス学会HPより引用。
https://www.jsbi.org/about/about-bi/
様々な生命現象をコンピューターを使って研究をすること。
バイオインフォマティクス解析の１つである次世代シーケンス解析(NGS解析)、メタボローム解析、多量のデータの多変量解析を当分野では取り扱っています。
次世代シーケンス解析（NGS解析）とは
数百万から数十億ものシーケンス反応を同時に可能な強力な基盤技術のこと。
膨大なシーケンスデータから、既知の遺伝子の発現量、遺伝子変異、上流・下流遺伝子の予測、検出された遺伝子の生物学的意義付け（GO, Pathway）等を解析することができます。
当分野のバイオインフォマティクス解析に関する支援体制
実験デザインのご相談、NGS解析データの取得、データ解析ソフトウェアを用いた一次解析レクチャー（学内限定）、データの詳細・環境構築等の受託業務、解析結果に関する総合的なディスカッションまで、バイオインフォマティクス解析を行う研究者の方に対して幅広くサポートできる体制を整えております。
愛媛大学はかずさDNA研究所と包括連携協定を結んでおり、学内のセンター利用者であれば、比較的安価に受託解析を依頼可能です。
また、他組織で解析済みのデータについて、当分野のサービスを利用して詳細解析を実施することも可能です。
当分野のスタッフ一覧
| 職位 | 氏名 |
|---|---|
| 特任講師 | 岩﨑 智之 |
| 講師 | 塩川 大介 (兼任) ※1 |
| 講師 | 湯川 将之 (兼任) ※2 |
| 技術専門職員 | 徳永 順士 |
| 技術員 | 宮﨑 芽依 |
※1 愛媛大学附属病院先端医療創生センター(TRC)
※2 愛媛大学医農融合公衆衛生学環
当分野のサービス概要
当分野では、センター利用者の方に向けて上図のようなサービスをご提供可能です。
機器利用
学内のセンター利用者限定で、当分野が取り扱う機器を直接ご使用いただけます。
共同利用機器予約システム（学内限定アクセス）から、機器の予約取得をお願いいたします。
詳細につきましてはこちらをご確認ください。
受託業務
１）次世代シーケンス受託解析
次世代シーケンス解析(NGS解析)の受託を行います。
(例) Bioanalyzerによるサンプル評価、ライブラリ作製、MiSeqによるシーケンス解析 他
学内利用者限定で、かずさDNA研究所への受託（学内限定価格）もご紹介可能です。
２）データ受託解析
バイオインフォマティクス関係のデータの詳細解析の受託を行います。
CLC Genomics Workbench, IPA (Ingenuity Pathway Analysis)、
コマンド操作での解析に対応しています。
（出力結果のご説明、考察を含めたディスカッションも含まれます。）
(例) RNA-Seq解析、ChIP-Seq解析、Single-Cell RNA-seq解析、
Visium空間トランスクリプトーム解析、メタボローム解析 他
３）データ解析環境構築
バイオインフォマティクス関係のデータ詳細解析用のコード実行環境構築の受託を行います。
リモートでの構築支援も実施可能です。
(例) 上記のデータ解析受託で使用する解析環境のリモート構築
（Dockerを介したJupyter Lab, RStudio 環境をご用意可能）
４）データ解析用アプリ構築
バイオインフォマティクス関係のデータの詳細解析のための解析環境を
簡単な操作で実行可能なアプリケーションの構築の受託を行います。
依頼者ごとにカスタマイズしたアプリケーション構築も可能です。
リモートでの構築支援も実施可能です。
５）その他技術支援
バイオインフォマティクス関係の技術相談、技術レクチャーなど、
センター利用者のご要望に合わせたサポートを実施可能です。
詳細につきましては、各紹介ページをご閲覧ください。
料金設定について
当部門の料金設定表（単価表）は、下記リンクをご参照ください。
上記の各業務紹介ページにて、請求金額の積算例を掲載しておりますのでご活用ください。
免責事項