IPA (Ingenuity Pathway Analysis)について
簡単なマウス操作で網羅的なパスウェイ解析を実行することができるアプリケーションです。
無料で使用可能なパスウェイ解析データベースとは異なり、論文などで公開済みのデータをQIAGENの学術スタッフの方が再解析・解釈した上で作成した独自のパスウェイデータベースをもとに、パスウェイの変動予測などを行うことができます。
インプットに使用するデータは、次世代シーケンスデータの遺伝子ID、メタボローム解析等の化合物IDだけでなく、差分解析後のFold Change（p-valueもあれば同時にインポート）を使用します。
また、上流遺伝子の予測解析、自身のデータとQIAGENで再解析済みの論文データをオーバーラップさせた作図・比較解析（比較解析については、Analysis Match機能により実行可能）なども実行可能です。
QIAGEN公式サイト：参考リンク
トミーデジタルバイオロジー公式サイト：参考リンク
2022年5月から、愛媛大学医学部附属病院、愛媛大学先端医療創成センター(TRC)からのご支援により、当部門のデータ解析PC内にIPA (Ingenuity Pathway Analysis) Analysis Matchが導入されています。
当部門のソフトウェアのご利用方法
学内の利用者の方
当部門のデータ解析PCを直接ご利用いただくことができます。
また、こちらのソフトウェアを使用したデータ受託解析をご依頼いただくことも可能です。
学外の利用者の方
こちらのソフトウェアを使用したデータ受託解析をご依頼いただくことができます。
リモート会議形式で解析途中の画面も共有いたしますので、解析オプションの記録・細かいカスタマイズ等も可能です。
【学内限定】技術説明会の資料共有・オンデマンド配信
学内利用者の方は、下記リンクにてお申込みいただくと、過去の説明会の資料共有・オンデマンド配信の閲覧・視聴が可能です。
また、すでにお申込み済みの方は、下記リンクから閲覧・視聴可能となっております。
当部門の過去の説明会等の資料共有・オンデマンド配信（Moodle 4.0）：
https://moodle41.lms.ehime-u.ac.jp/moodle/course/view.php?id=4116
ソフトウェアのマニュアル
【学内限定】日本語版マニュアル・解説資料
下記リンクにて、日本語版マニュアル（学内限定アクセス）をご閲覧・ダウンロード可能です。
上記の技術説明会の資料・オンデマンド配信動画もご活用ください。
2023年 日本語版 QIAGEN IPA ユーザーガイド.pdf
メーカー公式サイト内のマニュアル・解説資料
日本語版 ipa動画マニュアル Tagged with ipa tutorial japanese -tv
英語版 ipa動画マニュアル Tagged with ipa tutorial -tv
英語版 ipa QIAGENウェビナー Tagged with ipa webinar -tv
公式ヘルプページ
IPA Legend（Figureの色・記号等の意味の解釈表）
インプットに必要なデータの準備について
以下の添付ファイルのような表形式のデータを作成する必要があります。