当部門で取り扱うデータ解析ソフトウェア・アプリケーション
市販の解析ソフトウェア
2022年5月から、愛媛大学医学部附属病院、愛媛大学先端医療創成センター(TRC)からのご支援により、当部門のデータ解析PC内に下記の解析ソフトウェアが導入されています。
学内の利用者の方であれば、ソフトウェアが導入されているデータ解析PCの機器利用（機器の直接利用）、若しくはデータ解析受託のご依頼が可能です。
学外の方は、データ解析受託のみご依頼可能です。（リモート会議形式で解析途中の画面の共有も可。）
- CLC Genomics Workbench Premium
次世代シーケンス解析（NGS解析）データの詳細解析を実行可能です。 - IPA (Ingenuity Pathway Analysis) Analysis Match
次世代シーケンス解析（NGS解析）データ、メタボローム解析データなどを用いて網羅的なパスウェイ解析、文献データとの比較解析等を実行可能です。
マウス操作可能な解析アプリ
当部門の受託業務の１つである「データ解析環境用アプリ構築」で作製したアプリケーションです。
論文などで一般公開されているコマンドラインベースの解析パッケージ（コマンド操作、プログラミング言語の習得が必須）の活用に抵抗感がある方には、こちらがお勧めです。
| No. | 解析項目名 | 詳細 | 学内料金 | 学外料金 |
|---|---|---|---|---|
| 1 | シングルセル解析アプリ 詳細 | CellRangerで解析後のmatrix filesを使用。 Seurat, Scanpyを用いた解析等。 | 36,250円～ | 109,100円～ |
| 2 | Visium空間トランスクリプトーム解析アプリ 詳細 | CellRangerで解析後のmatrix filesを使用。 Seurat, Scanpyを用いた解析等。 | 46,250円～ | 139,100円～ |
コマンドライン操作で使用する解析アプリ
当部門の受託業務の１つである「データ解析環境用アプリ構築」で作製したアプリケーションです。
論文などで一般公開されているコマンドラインベースの解析パッケージ（コマンド操作、プログラミング言語の習得が必須）を直接扱うことができそうな方は、こちらがお勧めです。
コマンド操作等が初めての方であっても、当部門の技術支援サービスをご活用いただくと、比較的安価で早い技術習得が可能です。
| No. | 解析項目名 | 詳細 | 学内料金 | 学外料金 |
|---|---|---|---|---|
| 1 | シングルセル解析 (Single-Cell RNA-Seq) 詳細 | CellRangerで解析後のmatrix filesを使用。 Seurat, Scanpyを用いた解析等。 | 12,500円～ | 35,000円～ |
| 2 | 空間トランスクリプトーム解析 (visium など) 詳細 | CellRangerで解析後のmatrix filesを使用。 Seurat, Scanpyを用いた解析等。 | 12,500円～ | 35,000円～ |
| 3 | エピゲノム解析 （ChIP-Seq, ATAC-Seq など） 詳細 | CLC Genomics Workbench、 コマンド操作用解析パッケージを使用 | 11,250円～ | 32,500円～ |
| 4 | バルクRNA-Seq解析 (全長RNA-Seq, 3′ RNA-Seq など) 詳細 | 遺伝子発現差解析、 変異解析、上流・下流遺伝子の解析、 GO解析、Pathway解析(IPA)等 | 11,250円～ | 32,500円～ |
| 5 | スプライスバリアント解析 (全長RNA-Seq など) | スプライスバリアントごとの遺伝子発現差解析、 GO解析、Pathway解析、sashimiplotの作図等 | 11,250円～ | 32,500円～ |
| 6 | ncRNAの機械学習ツールによる機能予測 | MENTR などのコマンド操作用 解析パッケージを使用 | 11,250円～ | 32,500円～ |
その他の解析ツール
一般公開されているフリーの解析ツール、パッケージなどの使い方につきましても、要相談の上で技術レクチャーを実施可能です。
当部門の技術支援サービスをご利用ください。
フリーの解析ツールの例
iDEP, RaNA-seq, , DAVID, GSEA, KEGG, Uniprot, BLAST, MetaboAnalyst など
解析パッケージの例
別ページに記載