データ解析環境構築（バイオインフォマティクス関係）
バイオインフォマティクス関係のデータ詳細解析のためのコード実行環境構築の受託。
（データ解析に必要なコード、及びその解説文も付属。）
こんなお悩みはありませんか？
- 最新の解析ツール、多量のデータの解析ができるツールを使いたいが、解析環境の準備やプログラミングコードを扱えない。
- 一般公開されている解析用アプリをバージョン固定して使用し、その環境のバックアップも取りたい。
- 既存の解析用PCの老朽化、担当者の移動・退職等に伴い、コマンドライン解析環境の移行作業等に困っている。
当部門のデータ解析環境構築（受託業務）の概要
ご依頼者の方のご要望に合わせてカスタマイズした解析環境＋解説付コードを提供いたします。
仮想環境作成ツール（Docker）を介してPC内に解析環境を導入するため、導入先のPCのOSに依存せずに使用でき、バックアップ取得も簡易に実施可能です。
Jupyter Notebook (Lab) またはRStudio上で解析を実行できる環境をご用意可能です。
Jupyter Notebook形式で保存されているコードを実行するだけでOK。
解析コードの実行ログも記録されるため、正常に解析を実行できたかどうかを後日でも確認可能です。
導入先のPCの推奨スペックにつきましては、こちらをご確認ください。
データ解析画面の例（各プロットの作図）
データ解析画面の例（シングルセル解析、visium解析）
一般公開されている解析アプリのバックアップ作成の例
依頼実績
現在、取り扱い実績のある解析は以下のリストの通りです。
データ受託解析（受託業務）で取り扱い実績のある解析であれば、下記のリストに記載が無くても比較的短納期でご提供可能です。
取り扱い実績の無い解析であっても、ご相談の上でお引き受け可能です。
導入先のPCの推奨スペックにつきましては、こちらをご確認ください。
| No. | 解析項目名 | 詳細 | 学内料金 | 学外料金 |
|---|---|---|---|---|
| 1 | シングルセル解析 (Single-Cell RNA-Seq) 詳細 | CellRangerで解析後のmatrix filesを使用。 Seurat, Scanpyを用いた解析等。 | 12,500円～ | 35,000円～ |
| 2 | 空間トランスクリプトーム解析 (visium など) 詳細 | CellRangerで解析後のmatrix filesを使用。 Seurat, Scanpyを用いた解析等。 | 12,500円～ | 35,000円～ |
| 3 | エピゲノム解析 （ChIP-Seq, ATAC-Seq など） 詳細 | CLC Genomics Workbench、 コマンド操作用解析パッケージを使用 | 11,250円～ | 32,500円～ |
| 4 | バルクRNA-Seq解析 (全長RNA-Seq, 3′ RNA-Seq など) 詳細 | 遺伝子発現差解析、 変異解析、上流・下流遺伝子の解析、 GO解析、Pathway解析(IPA)等 | 11,250円～ | 32,500円～ |
| 5 | スプライスバリアント解析 (全長RNA-Seq など) | スプライスバリアントごとの遺伝子発現差解析、 GO解析、Pathway解析、sashimiplotの作図等 | 11,250円～ | 32,500円～ |
| 6 | ncRNAの機械学習ツールによる機能予測 | MENTR などのコマンド操作用 解析パッケージを使用 | 11,250円～ | 32,500円～ |
依頼フロー
- Step1当部門へお問い合わせ
下記メールアドレス宛にメールをお送りください。
ikagaku-support[＠]m.ehime-u.ac.jp
※[＠]を半角のアットマークに置き換えてください。
- Step2ご依頼内容の詳細確認、見積書・納期のご確認
メール、若しくは対面での打ち合わせ（遠方の方はリモート会議）でご依頼内容の詳細を確認し、見積書をお送りいたします。
既に当部門で構築済みのデータ解析環境をご希望の場合、解析のデモ操作画面をお見せすることができます。【納期の目安】 ※依頼の混雑状況により変動します。
当部門で構築済みのデータ解析環境：約2週間
上記データ解析環境＋カスタマイズしたコードの追加：約1ヶ月
当部門で未構築のデータ解析環境：約1.5か月
上記のデータ解析環境＋カスタマイズしたコードの追加：約2ヶ月
- Step3データ解析環境構築（受託業務）のご依頼
上記のご依頼内容、見積書、当分野の免責事項・利用規約をご確認の上で、メールで正式なご依頼をお願いいたします。
（学外の利用者の場合は、利用規約のチェックシート、当センターの受託試験申請書及び受託試験依頼書の原本を郵送でお送りください。）
- Step4
- Step5データ解析環境の構築に必要なファイルのお受け取り
ご依頼者の方のPCにデータ解析環境を構築するために必要なファイルを発送いたしますので、お受け取りをお願いいたします。
- Step6データ解析環境の導入作業の実施
ご依頼者のPCを直接操作させていただき、Docker環境の導入～データ解析環境の起動までのセットアップを実施いたします。（所要時間の目安：約2～3時間）
（学外の方の場合は、リモート会議形式でご依頼者の方の画面共有をしていただきつつ、当部門のスタッフの技術支援のもとで導入作業を実施いたします。）
- Step7納品物のご確認
- Step8料金のお支払い
当部門のスタッフからの案内に従うようお願いいたします。
- Step9納品済みのデータ解析環境を用いた解析に関する技術相談・不具合に関する相談など
解析に関する技術的な相談（解析オプションの設定に関するディスカッション、出力結果の解釈の方法など）につきましては、当部門の技術支援（受託業務）（※追加料金発生）扱いで対応させていただきます。
不具合に関するご相談につきましては、Docker Desktopに起因するエラーであれば、無償で対応させていただきます。
納品済みのデータ解析環境のバックエンド側（コマンド操作用解析パッケージ）に起因するエラーの場合、インプットに使用したデータ及び解析条件などの再精査が必要ですので、ご自身で試行錯誤いただくか、当部門の技術支援（受託業務）（※追加料金発生）扱いで対応させていただきます。