コマンド操作用技術サポート:解析パッケージの扱い方・エラー解消

技術サポート:解析パッケージの扱い方・エラー解消

 コマンド操作を必要とする解析パッケージが論文で公開済みのデータなどで多く使用されていますが、その解析パッケージを扱うためには、Linux(もしくはUnix)での操作、パッケージの導入作業(環境構築)、パッケージのマニュアルの解読、そのトラブルシューティングと、初心者には難しく多大な時間を要する壁が多く存在します。
 当部門では、そのようなお悩み解決の一助となるべく、技術的な質疑応答を受け付けております。

 また、以下に記載の無いもの(フリーのWeb解析ツール、R、RStudio、Python系のツール、Linuxコマンドラインツール、その他フリーソフト等を用いた解析等)につきましても、ご相談の上で可能な限りでご対応いたします。

Linuxコマンドライン

●バルクRNA-Seq等の解析ツール

 fastqc, trimomatic, cutadapt, Bowtie2, HISAT2, STAR, Tophat2-Cufflinks, Salmon, samtools, bedtools, featureCounts,  等

●シングルセル解析ツール

 CellRanger, SpaceRanger 等

●その他解析ツール

 rMATS 等

R, RStudio

●バルクRNA-Seq等の解析ツール

 edgeR, DESeq2, limma, cuffdiff, ggplot2, VennDiagram, 等

 TMM正規化したcountデータの出力、TPM, FPKM等の出力, 各種作図 等

●シングルセル解析、空間トランスクリプトーム解析等のツール

 Seurat 等

Python系の解析ツール

 Scanpy, MISO 等

その他フリーツール

 GSEA, KEGG pathway, IGV, Loupe Browser, iDEP, RaNA-seq, DAVID, UniProt, BioJupies, MetaboAnalyst, TCC-GUI 等

 

利用可能なサービス・料金について

 依頼内容・ボリュームにより、金額が変動します。
 ご依頼者の方のご要望に合わせてご提供させていただきます。
 金額の目安としまして、対応時間あたりの単価を記載します。
 (※依頼内容の種類により、対応時間のカウント方法が異なります。)

 学内利用者:1,250円~2,050円/時間
 学外利用者:2,500円~4,100円/時間

 依頼例:ある1つの解析パッケージの導入作業が上手くできず止まってしまった。
      →30分程度(学内:約1,000円、学外:約1,200円)の技術サポートの実施
       若しくは、データ解析環境受託(受託業務)の提供

 依頼例:解析を行っている途中でエラーが起きたが、インプットデータが悪いのか、
     コードの書き方が悪いのか原因がわからない。
      →1時間程度(学内:2,050円、学外:4,100円)の技術サポートの実施

 依頼例:解析パッケージの操作マニュアルの解読を手伝ってほしい。
     →1時間程度(学内:1,250円、学外:2,500円)の技術サポートの実施