ChIP-Seq (ATAC-Seq)解析
シーケンス解析後の生データ（.fastq）から解析を実行可能です。
詳細解析の際には、遺伝子発現差解析、変異解析、上流・下流遺伝子の解析、GO解析、Pathway解析(IPA)等を実施し、ご希望の作図を実施します。
解析後のデータの納品時には、当部門の教職員による報告会、ディスカッション、今後の研究方針のご相談なども実施いたします。
湯川 将之（兼任教員）、宮﨑 芽依（技術員）
利用可能なサービス・料金について
依頼内容・ボリュームによりますが、下記の金額でお引き受け可能です。
| カテゴリ | 詳細 | 学内料金 | 学外料金 |
|---|---|---|---|
| 【学内限定】機器利用 データ解析PC | CLC Genomics Workbenchを用いた データ解析、IPAでのパスウェイ解析 | 200円/15分 | – |
| 受託業務 次世代シーケンス受託解析 | 解析に使用する核酸サンプルの品質確認 | 詳細リンク | 詳細リンク |
| 受託業務 データ解析受託 | CLC Genomics Workbenchを用いた データ解析、IPAでのパスウェイ解析、 コマンド操作用解析パッケージでの解析 | 10,525円～ | 36,350円～ |
| 受託業務 データ解析環境構築 | コマンド操作用解析パッケージでの データ解析環境をDockerを介して提供。 Jupyter Lab, RStudioでのコードの 編集・実行が可能。 | 2024年6月中旬 公開予定 | 2024年6月中旬 公開予定 |
| 受託業務 データ解析用アプリ構築 | マウス操作可能なアプリケーションを通じて、 コマンド操作用解析パッケージでデータ解析 を実行できる環境をDockerを介して提供。 Jupyter Lab, RStudioでのコードの 編集・実行が可能。 | 要相談 | 要相談 |
見積例・納品物など
Bioanalyzer受託解析（DNA）
- 学内料金
- 学外料金
●見積条件
ChIP-Seq解析用DNAサンプル
サンプル数：2サンプル
消耗品１：キット代(DNA1000 kit)
●積算表
技術料 1,250円/時間×1時間＝1,250円
Bioanalyzer使用料 200円/回×1回＝200円
消耗品１ 4,650円/チップ×1チップ＝4,650円
合計 6,100円/件
※ ～12サンプルまでの解析であれば、上記の費用で解析可能。
2サンプル解析時の費用：6,100円
（1サンプルあたりの単価：3,050円）
●見積条件
ChIP-Seq解析用DNAサンプル
サンプル数：2サンプル
消耗品１：キット代(DNA1000 kit)
●積算表
技術料 5,000円/時間×1時間＝5,000円
Bioanalyzer使用料 2,000円/回×1回＝2,000円
消耗品１ 4,650円/チップ×1チップ＝4,650円
合計 11,650円/件
※ ～12サンプルまでの解析であれば、上記の費用で解析可能。
6サンプル解析時の費用：11,650円
（1サンプルあたりの単価：5,825円）
データ受託解析
- 学内料金
- 学外料金
●見積条件
サンプル数：6サンプル（N3×2群）
作業時間2.5時間
RUN待ち1時間の場合
ご依頼者のご要望に応じて、CLC Genomics Workbenchでの解析、若しくは既存のコマンドラインベースの解析パイプラインを実行。
一般的なコマンドラインツール、Rでの解析は、下記料金に対して追加料金が発生。
（スタッフの作業時間＋解析用PC使用時間から積算し、追加請求する。）
●積算表
基本料金 5,000円/件×1件＝5,000円
技術料 1,250円/時間×2.5時間＝3,125円
機器使用料 800円/時間×3時間＝2,400円
合計 10,525円/件+オプション
●見積条件
サンプル数：6サンプル（N3×2群）
作業時間2.5時間
RUN待ち1時間の場合
ご依頼者のご要望に応じて、CLC Genomics Workbenchでの解析、若しくは既存のコマンドラインベースの解析パイプラインを実行。
一般的なコマンドラインツール、Rでの解析は、下記料金に対して追加料金が発生。
（スタッフの作業時間＋解析用PC使用時間から積算し、追加請求する。）
●積算表
基本料金 10,000円/件×1件＝5,000円
技術料 2,500円/時間×2.5時間＝6,250円
機器使用料 6,700円/時間×3時間＝20,100円
合計 36,350円/件+オプション
（納品データのデモデータにつきましては、現在作成中。直接お問い合わせください。）
データ解析環境構築
- 学内料金
- 学外料金
2024年6月中旬頃に公開予定
2024年6月中旬頃に公開予定
