バルクRNA-Seq解析
次世代シーケンス解析の生データ（.fastq）の取得からデータの詳細解析まで、幅広いサポートを実施可能です。
詳細解析の際には、遺伝子発現差解析、変異解析、上流・下流遺伝子の解析、GO解析、Pathway解析(IPA)等を実施し、ご希望の作図を実施します。
解析後のデータの納品時には、当部門の教職員による報告会、ディスカッション、今後の研究方針のご相談なども実施いたします。
岩﨑 智之（兼任教員）、徳永 順士（技術専門職員）、宮﨑 芽依（技術員）
利用可能なサービス・料金について
依頼内容・ボリュームによりますが、下記の金額でお引き受け可能です。
| カテゴリ | 詳細 | 学内料金 | 学外料金 |
|---|---|---|---|
| 【学内限定】機器利用 データ解析PC | CLC Genomics Workbenchを用いた データ解析、IPAでのパスウェイ解析 | 200円/15分 | – |
| 受託業務 次世代シーケンス受託解析 | 解析に使用する核酸サンプルの品質確認、 ライブラリ作製、 MiSeqによるシーケンス解析 | 詳細リンク | 詳細リンク |
| 受託業務 データ解析受託 | CLC Genomics Workbenchを用いた データ解析、IPAでのパスウェイ解析、 コマンド操作用解析パッケージでの解析 | 9,900円～ | 35,100円～ |
| 受託業務 データ解析環境構築 | コマンド操作用解析パッケージでの データ解析環境をDockerを介して提供。 Jupyter Lab, RStudioでのコードの 編集・実行が可能。 | 2024年6月中旬 公開予定 | 2024年6月中旬 公開予定 |
| 受託業務 データ解析用アプリ構築 | マウス操作可能なアプリケーションを通じて、 コマンド操作用解析パッケージでデータ解析 を実行できる環境をDockerを介して提供。 Jupyter Lab, RStudioでのコードの 編集・実行が可能。 | 要相談 | 要相談 |
見積例・納品物など
ライブラリ作製受託～MiSeqでのシーケンス解析
- 学内料金
- 学外料金
（現在作成中）
（現在作成中）
データ解析受託
- 学内料金
- 学外料金
●見積条件
サンプル数：6サンプル（N3×2群）
遺伝子発現差解析を実行
作業時間2時間
RUN待ち1時間の場合
CLC Genomics Workbenchを使用し、既存の解析パイプラインで解析を実行。
一般的なコマンドラインツール、Rでの解析は、下記料金に対して追加料金が発生。
（スタッフの作業時間＋解析用PC使用時間から積算し、追加請求する。）
●積算表
基本料金 5,000円/件×1件＝5,000円
技術料 1,250円/時間×2時間＝2,500円
機器使用料 800円/時間×3時間＝2,400円
合計 9,900円/件+オプション
●見積条件
サンプル数：6サンプル（N3×2群）
遺伝子発現差解析を実行
作業時間2時間
RUN待ち1時間の場合
CLC Genomics Workbenchを使用し、既存の解析パイプラインで解析を実行。
一般的なコマンドラインツール、Rでの解析は、下記料金に対して追加料金が発生。
（スタッフの作業時間＋解析用PC使用時間から積算し、追加請求する。）
●積算表
基本料金 10,000円/件×1件＝10,000円
技術料 2,500円/時間×2時間＝5,000円
機器使用料 6,700円/時間×3時間＝20,100円
合計 35,100円/件+オプション
納品データの例
- mapping後のファイル(.bam, QC 等)
- 発現量の定量値等 （count, TPM, RPKM, CPM) Ensemble ID, Gene Name併記
- 差分解析後の値 (Fold change, Lod fold Change, P-value, FDR p-value, Bonferroni）
- 各種プロット（Volcano Plot, PCA, Heatmap, Venn Diagram)
- GO解析（Excelの表形式）
（納品データのデモデータにつきましては、現在作成中。直接お問い合わせください。）
