データ解析用アプリ構築（バイオインフォマティクス関係）
バイオインフォマティクス関係のデータの詳細解析のための解析環境を簡単な操作で実行可能なアプリの構築の受託。
依頼者ごとにカスタマイズしたアプリ構築も可能。
こんなお悩みはありませんか？
- 公開済みの論文内で使用されている最新の解析パッケージを使ってみたいが、プログラミング言語を扱った操作に抵抗感がある。
- 簡単なマウス操作で解析を実行したいが、最新の解析の場合、解析ソフトウェアがまだ出回っていない。
- 市販のソフトウェアでは2次解析（詳細解析）以降を進めづらい。
当部門のデータ解析用アプリの概要
当部門では、最新の論文などで使用されている解析パッケージ（コマンド操作が必要）を、簡単なマウス操作で実行することができるアプリケーションを構築いたしました。
当部門のデータ解析PC02での機器利用（学内限定、機器の直接利用）、受託業務（受託解析～解析アプリの構築）を通じてご利用可能です。
データ解析用アプリ構築（受託業務）のご依頼の場合、ご希望の解析用PC内へDockerを介してこの解析アプリを構築することができます。
解析のオプション設定の試行錯誤、解析パッケージに依存したエラーなどにつきましても、当部門の教職員による技術支援サービスによりサポートいたします。
当部門のデータ解析環境構築（受託業務）をアプリ化したものであり、初心者向けの解析アプリ（マウス操作可）を使用できるだけではなく、同じバックグラウンド側の解析パッケージを中級者向けの解析アプリ（Jupyter Lab, RStudio 等）を介して起動可能です。
そのため、導入先の組織内に初心者・中級者が混在していた場合に、アプリの使い分けが可能です。
導入先のPCの推奨スペックにつきましては、こちらをご確認ください。
この解析アプリの位置付けとしては、簡便性・アプリの操作性・技術サポートの有無などの点で、下図にコマンド操作が必要なアプリケーションと一般公開されている解析ソフトウェアの間に位置するものであると考えています。
依頼実績
現在、取り扱い実績のある解析は以下のリストの通りです。
データ受託解析（受託業務）で取り扱い実績のある解析であれば、下記のリストに記載が無くても比較的短納期でご提供可能です。
取り扱い実績の無い解析であっても、ご相談の上でお引き受け可能です。
導入先のPCの推奨スペックにつきましては、こちらをご確認ください。
| No. | 解析項目名 | 詳細 | 学内料金 | 学外料金 |
|---|---|---|---|---|
| 1 | シングルセル解析アプリ 詳細 | CellRangerで解析後のmatrix filesを使用。 Seurat, Scanpyを用いた解析等。 | 36,250円～ | 109,100円～ |
| 2 | Visium空間トランスクリプトーム解析アプリ 詳細 | CellRangerで解析後のmatrix filesを使用。 Seurat, Scanpyを用いた解析等。 | 46,250円～ | 139,100円～ |
依頼フロー
- Step1当部門へお問い合わせ
下記メールアドレス宛にメールをお送りください。
ikagaku-support[＠]m.ehime-u.ac.jp
※[＠]を半角のアットマークに置き換えてください。
- Step2ご依頼内容の詳細確認、見積書・納期のご確認
メール、若しくは対面での打ち合わせ（遠方の方はリモート会議）でご依頼内容の詳細を確認し、見積書をお送りいたします。
既に当部門で構築済みのアプリケーションをご希望の場合、解析のデモ操作画面をお見せすることができます。
【納期の目安】 ※依頼の混雑状況により変動します。
当部門で構築済みのデータ解析用アプリ：約2週間
上記データ解析用アプリ＋カスタマイズページ追加：約1ヶ月
当部門で未構築のデータ解析用アプリ：約3か月
上記データ解析用アプリ＋カスタマイズページ追加：約4ヶ月
- Step3データ解析用アプリ構築（受託業務）のご依頼
上記のご依頼内容、見積書、当分野の免責事項・利用規約をご確認の上で、メールで正式なご依頼をお願いいたします。
（学外の利用者の場合は、利用規約のチェックシートのご提出もお願いいたします。）
また、当センターの受託試験申請書及び受託試験依頼書の原本を郵送でお送りください。
- Step4データ解析用アプリ導入作業の日程調整
このデータ解析用アプリは、Dockerという仮想環境構築ソフトウェアを介してご使用いただけます。
そのため、ご依頼者のPC内にDockerが未導入であれば、事前に導入する必要があります。
（所要時間の目安：約2～3時間）
ご依頼者のPCを直接操作（※PCの再起動を数回実行する必要があります）しても良い日時をご指定ください。
（学外の利用者の場合は、利用規約のチェックシート、当センターの受託試験申請書及び受託試験依頼書の原本を郵送でお送りください。）
- Step5データ解析用アプリ構築に必要なファイルのお受け取り
ご依頼者の方のPCにデータ解析用アプリを構築するために必要なファイルを発送いたしますので、お受け取りをお願いいたします。
- Step6データ解析用アプリ導入作業の実施
ご依頼者のPCを直接操作させていただき、Docker環境の導入～データ解析用アプリの起動までのセットアップを実施いたします。（所要時間の目安：約2～3時間）
（学外の方の場合は、リモート会議形式でご依頼者の方の画面共有をしていただきつつ、当部門のスタッフの技術支援のもとで導入作業を実施いたします。）
- Step7納品物のご確認
- Step8料金のお支払い
当部門のスタッフからの案内に従うようお願いいたします。
- Step9データ解析用アプリを用いた解析に関する技術相談・不具合に関する相談など
解析に関する技術的な相談（解析オプションの設定に関するディスカッション、出力結果の解釈の方法など）につきましては、当部門の技術支援（受託業務）（※追加料金発生）扱いで対応させていただきます。
不具合に関するご相談につきましては、データ解析用アプリのフロントエンド側（マウス操作を行う画面、ファイル転送システム等）に起因するエラーであれば、無償で対応させていただきます。
データ解析用アプリのバックエンド側（コマンド操作用解析パッケージ）に起因するエラーの場合、インプットに使用したデータ及び解析条件などの再精査が必要ですので、ご自身で試行錯誤いただくか、当部門の技術支援（受託業務）（※追加料金発生）扱いで対応させていただきます。