visium空間トランスクリプトーム解析
シーケンス解析後のデータ（matrix data）の詳細解析を実施可能です。
CellRangerで解析後のmatrix filesを使用し、Seurat, Scanpyを用いた解析等、ご希望の解析・作図を実施します。
生データ（.fastq）からの解析（CellRanger, CLC Genomics Workbench Premium等）も、データのサイズ次第ですが、当部門のPCのスペックで実行可能であればご依頼可能です。
詳細解析の際には、遺伝子発現差解析、変異解析、上流・下流遺伝子の解析、GO解析、Pathway解析(IPAなど)等を実施し、ご希望の作図を実施します。
解析後のデータの納品時には、当部門の教職員による報告会、結果のディスカッション、今後の研究方針のご相談なども実施いたします。
塩川 大介（兼任教員）、宮﨑 芽依（技術員）
利用可能なサービス・料金について
依頼内容・ボリュームによりますが、下記の金額でお引き受け可能です。
| カテゴリ | 詳細 | 学内料金 | 学外料金 | |
|---|---|---|---|---|
| 【学内限定】機器利用 データ解析PC | IPAでのパスウェイ解析 | 200円/15分 | – | |
| 受託業務 データ解析受託 | コマンド操作用解析パッケージでの解析、 IPAでのパスウェイ解析 | 15,150円～ | 42,600円～ | |
| 受託業務 データ解析環境構築 | コマンド操作用解析パッケージでの データ解析環境をDockerを介して提供。 Jupyter Lab, RStudioでのコードの 編集・実行が可能。 | 2024年6月中旬 公開予定 | 2024年6月中旬 公開予定 | |
| 受託業務 データ解析用アプリ構築 | マウス操作可能なアプリケーションを通じて、 コマンド操作用解析パッケージでデータ解析 を実行できる環境をDockerを介して提供。 Jupyter Lab, RStudioでのコードの 編集・実行が可能。 | 2024年6月中旬 公開予定 | 2024年6月中旬 公開予定 |
見積例・納品物など
データ受託解析
- 学内料金
- 学外料金
●見積条件
visium空間トランスクリプトーム解析用データ(matrix file)
サンプル数：2サンプル
●積算表
基本料金 5,000円/件×1件＝5,000円
技術料 1,250円/時間×5時間＝6,250円
機器使用料 800円/時間×5時間＝4,000円
合計 15,250円/件+オプション
ご依頼者の方向けにカスタマイズした機能解析、figureの再作成・修正が多くなるようであれば、オプション費用が＋2～3万円となるため、データ解析アプリ（若しくはデータ解析環境構築）＋当部門の技術支援の組み合わせをお勧めいたします。
●見積条件
visium空間トランスクリプトーム解析用データ(matrix file)
サンプル数：2サンプル
●積算表
基本料金 10,000円/件×1件＝10,000円
技術料 2,500円/時間×5時間＝12,500円
機器使用料 6,700円/時間×3時間＝20,100円
合計 42,600円/件+オプション
ご依頼者の方向けにカスタマイズした機能解析、figureの再作成・修正が多くなるようであれば、オプション費用がさらに加算されていくため、データ解析アプリ（若しくはデータ解析環境構築）＋当部門の技術支援の組み合わせの方をお勧めいたします。
（納品データのデモデータにつきましては、現在作成中。直接お問い合わせください。）
データ解析環境構築
- 学内料金
- 学外料金
（2024年6月中旬頃に公開予定）
（2024年6月中旬頃に公開予定）
データ解析用アプリ構築
- 学内料金
- 学外料金
（2024年6月中旬頃に公開予定）
（2024年6月中旬頃に公開予定）
